MICCAI BraTS 2018: данные | Секция биомедицинского анализа изображений (SBIA) | Медицинская школа Перельмана в Университете Пенсильвании

1. Обзор описания данных
2. Описание данных изображения
3. Сравнение с предыдущими наборами данных BraTS
4. Описание данных выживания
5. Использование данных за пределами BraTS
6. Соглашение об использовании данных / Цитаты

• Объем • Актуальность • Задачи • Данные • оценка • Резюме участия • Запрос данных • Предыдущие BraTS • люди •

Обзор описания данных

Чтобы получить доступ к данным BraTS 2018, вы можете следовать инструкциям на Запрос данных "страница.

Наборы данных, использованные в этом году, были обновлены, начиная с BraTS'16, с более рутинными клинически приобретенными 3T мультимодальными МРТ-сканированиями, и все основные метки истинности были вручную пересмотрены экспертами-сертифицированными нейрорадиологами.

В качестве данных для обучения, валидации и тестирования для этого будут предоставлены многочисленные мультиинституциональные рутинные клинически приобретенные дооперационные мультимодальные МРТ-исследования глиобластомы (ГБМ / ГГГ) и глиомы низкой степени тяжести (LGG) с патологически подтвержденным диагнозом и доступной ОС. год вызов BraTS.

Данные проверки будут опубликованы 1 июля по электронной почте с указанием на прилагаемую таблицу лидеров. Это позволит участникам получать предварительные результаты в виде невидимых данных, а также сообщать об этом в представленных документах в дополнение к перекрестным проверкам результатов по данным обучения. Основная достоверность данных проверки будет предоставляться не участникам, а нескольким представлениям на платформе онлайн-оценки ( IPP CBICA ) будет разрешено

Наконец, всем участникам будут представлены одни и те же тестовые данные, которые будут доступны по электронной почте в течение 30 июля-20 августа и в течение ограниченного контролируемого промежутка времени (48 часов), прежде чем участники должны будут загрузить свои окончательные результаты в IPP CBICA , Лучшие участвующие команды будут приглашены до конца августа, чтобы подготовить слайды для краткой устной презентации своего метода во время конкурса BraTS.

Описание данных изображения

Все мультимодальные сканы BraTS доступны в виде файлов NIfTI (.nii.gz) и описывают а) нативное ( T1 ) и б) постконтрастное T1-взвешенное ( T1Gd ), в) T2-взвешенное ( T2 ) и d) жидкость T2 Тома с инвертированным восстановлением ( FLAIR ), приобретенные с использованием различных клинических протоколов и различных сканеров из нескольких (n = 19) учреждений, упомянутых в качестве источников данных Вот ,

Все наборы данных изображений были сегментированы вручную от одного до четырех оценщиков в соответствии с одним и тем же протоколом аннотаций, и их аннотации были одобрены опытными нейрорадиологами. Аннотации включают опухоль, усиливающую GD (ET - метка 4), перитуморальный отек (ED - метка 2) и некротическое и неусиливающее ядро ​​опухоли (NCR / NET - метка 1), как описано в Справочник BraTS опубликовано в IEEE Transactions for Medical Imaging (см. также Рисунок 1 ). Предоставленные данные распределяются после предварительной обработки, то есть совместно регистрируются в одном анатомическом шаблоне, интерполируются с одинаковым разрешением (1 мм ^ 3) и очищаются от черепа.

Сравнение с предыдущими наборами данных BraTS

Данные BraTS, предоставленные начиная с BraTS'17, значительно отличаются от данных, предоставленных во время предыдущих испытаний BraTS (то есть в 2016 году и в обратном направлении). Единственными данными, которые ранее использовались и будут использоваться снова (во время BraTS'17-'18), являются изображения и аннотации BraTS'12-'13, которые были вручную аннотированы клиническими экспертами в прошлом. Данные, использованные во время BraTS'14-'16 (из TCIA), были отброшены, так как они описали смесь до и послеоперационного сканирования, а их наземные метки истинности были аннотированы слиянием результатов сегментации из алгоритмов, которые получили высокий рейтинг во время BraTS'12 и 13 года. В этом году опытные нейрорадиологи провели радиологическую оценку полных исходных коллекций глиомы TCIA (TCGA-GBM, n = 262 и TCGA-LGG, n = 199) и классифицировали каждое сканирование как до или послеоперационное. Впоследствии все предоперационные сканы TCIA (135 GBM и 108 LGG) были аннотированы экспертами для различных субрегионов глиомы и включены в наборы данных BraTS этого года.

Описание данных выживания

Данные об общей выживаемости (ОС), определенные в днях, будут включены в файл значений, разделенных запятыми (.csv), и соответствуют псевдо-идентификаторам данных изображений. Файл .csv также будет включать возраст пациентов, а также статус резекции. Обратите внимание, что будут оцениваться только субъекты со статусом резекции GTR (т. Е. Gross Total Resection), и от вас ожидается, что вы отправите только свои предсказанные данные о выживании для этих субъектов.

Использование данных за пределами BraTS

Участникам разрешается использовать только дополнительные личные данные (из своих собственных учреждений) для дополнения данных, если они также сообщают о результатах, используя только данные BraTS'18, и обсуждают любую потенциальную разницу в результатах. Это связано с нашими намерениями обеспечить справедливое сравнение среди участвующих методов.

Соглашение об использовании данных / Цитаты

Вы можете свободно использовать и / или ссылаться на наборы данных BraTS в своем собственном исследовании, при условии, что вы всегда цитируете следующие две рукописи:

[1] Menze BH, Jakab A, Bauer S, Kalpathy-Cramer J, Farahani K, Kirby J, Burren Y, Porz N, Slotboom J, Wiest R, Lanczi L, Gerstner E, Weber MA, Arbel T, Avants BB, Ayache N, Буэндиа П, Коллинз Д.Л., Кордьер N, Корсо Дж.Дж., Криминиси А, Дас Т, Делингет Н, Демиррал Г, Дерст К.Р., Доджат М, Дойл С, Феста Дж, Форбс Ф, Джеремия Е, Глокер Б, Голланд П, Го Х , Хамамчи А, Ифтехаруддин К.М., Йена Р, Джон Н.М., Конукоглу Е, Лашкари Д, Мариз Я.А., Мейер Р, Перейра С, Преступ Д, Прайс СДж, Равив Т.Р., Реза С.М., Райан М, Сарикая Д, Шварц Л, Шин ХК, Шоттон Дж, Сильва К.А., Соуза Н., Суббанна Н.К., Секели Г., Тейлор Т.Дж., Томас О.М., Тустисон Н.Дж., Унал Г, Вассер Ф., Винтермарк М, Е.Д.Х., Чжао Л, Чжао Б., Зикич Д., Прастава М., Рейес М., Ван Лемпут К. «Эталонный анализ мультимодальной опухоли головного мозга (BRATS)», IEEE Сделки по медицинской визуализации 34 (10), 1993-2024 (2015) DOI: 10.1109 / TMI.2014.2377694

[2] Бакас С., Акбари Х., Сотирас А., Билелло М., Розыцкий М., Кирби Дж. С., Фрейманн Дж. Б., Фарахани К., Давацикос С. «Совершенствование коллекций МРТ атласа, глиомы атласа с помощью экспертных меток сегментации и радиологических особенностей», Nature Scientific Data, 4 : 170117 (2017) DOI: 10.1038 / sdata.2017.117

Кроме того, если нет никаких ограничений, налагаемых на журнал / конференцию, вы отправляете свою статью о цитировании «Цитаты данных», пожалуйста, будьте конкретны, а также приведите следующее:

[3] Бакас С., Акбари Х., Сотирас А., Билелло М., Розыцкий М., Кирби Дж., Фрейман Дж., Фарахани К., Давацикос С. «Сегментные метки и радиологические характеристики для предоперационного сканирования коллекции TCGA-GBM», The Cancer Imaging Архив, 2017. DOI: 10.7937 / K9 / TCIA.2017.KLXWJJ1Q

[+4] Бакас С., Акбари Х., Сотирас А., Билелло М., Розыцкий М., Кирби Дж., Фрейман Дж., Фарахани К., Давацикос С. «Сегментные метки и радиологические особенности для предоперационных сканов коллекции TCGA-LGG», The Cancer Imaging Архив, 2017. DOI: 10.7937 / K9 / TCIA.2017.GJQ7R0EF

Не стесняйтесь отправлять любые сообщения, связанные с вызовом BraTS, на [email protected]

Похожие

Комментарии